故事講述了死神武器工匠專業學院，簡稱“死武專”，學院里的學生分為“工匠”和“武器”，而他們的目的是收集九十九個“偏離人類軌道已形成‘鬼神之卵’”的靈魂和一個“魔女的靈魂”，當“武器”吞噬這100個靈魂後就能升級成為死神專用武器Death Scythe。為了達成這一目標，少年和少女們開始了自己的冒險。