小學校の卒業と同時に離ればなれになった遠野貴樹と篠原明里。二人だけの間に存在していた特別な想いをよそに、時だけが過ぎていった。

そんなある日、大雪の降るなか、ついに貴樹は明里に會いに行く……。

貴樹と明里の再會の日を描いた「桜花抄」、その後の貴樹を別の人物の視點から描いた「コスモナウト」、そして彼らの魂の彷徨（ほうこう）を切り取った表題作「秒速5センチメートル」