文久三年。倒幕派擊敗了佐幕派，刀劍的時代宣告結束―――幕末時代。 
作為刀劍男士的堀川國廣和曾經一同被主人用作戰鬥武器的和泉守兼定，
奔跑在雨中的山路。 
刀劍男士在審神者的激勵下，開啟了付喪神的道路。
他們的使命是將企圖改變曆史的時間溯行軍打倒，以以守護“正確的曆史”。
與陸奧守吉行、藥研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸國永這些新的夥伴一起，
在動蕩的時代投身到與時間溯行軍的戰鬥中。 
刀刃揮舞，刀光劍影。刀劍男士、即刻出陣。